Intuitivnost ovládání je důležitým aspektem pro vstřícné přijetí koncovým uživatelem. GTD v systému NET.Notes implementuje moderní prvky ovládání včetně tzv. drag&drop. Tímto způsobem může uživatel například intuitivně přesouvat sekce mezi sebou pouhým přetáhnutím myší. Úpravy provedené na obrazovce jsou na pozadí reflektovány uložením do databáze. Příště tedy uživatel obdrží pracovní plochu tak, jak si ji při posledním použití upravil.
Obdobným způsobem je možné přesouvat jednotlivé aktivity mezi sebou a dávat jím tím prioritu v rámci sekce pracovní plochy. Opět přetažením myší uživatel vybere cílové místo v rámci sekce a zde aktivitu umístí. Změny jsou na pozadí automaticky uloženy do databáze.
